NESTED PCR

Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan (replikasi) sampel DNAmenggunakan bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk mengamplifikasi fragmen.

Dengan menggunakan  nested PCR, jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang kedua. Dengan demikian, nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam melakukan amplifikasi.

Perbedaan nested PCR dan PCR biasa

Nested PCR merupakan variasi dari reaksi polymerase chain reaction biasa (PCR).

  1. Nested PCR dan PCR biasa keduanya berguna untuk memperbanyak fragmen DNA tertentu dalam jumlah banyak.
    1. Pada nested PCR digunakan 2 pasang primer sedangkan pada PCR biasa hanya menggunakan 1 pasang primer. Oleh karena itu hasil fragmen DNA dari nested PCR lebih spesifik (lebih pendek) dibandingkan dengan PCR biasa.
    2. Waktu yang diperlukan dalam reaksi nested PCR lebih lama daripada PCR biasa karena pada nested PCR dilakukan 2 kali reaksi PCR sedangkan pada PCR biasa hanya 1 kali reaksi PCR.
    3. Selain itu, keuntungan nested PCR adalah meminimalkan kesalahan amplifikasi gen dengan menggunakan 2 pasang primer.

Mekanisme kerja

  1. Fase Denaturasi, Pertama-tama DNA mengalami denaturasi lalu memasuki fase penempelan
  2. Fase Penempelan, sepasang primer pertama melekat di kedua utas tunggal DNA dan mengamplifikasi DNA di antara kedua primer tersebut dan terbentuklah produk PCR pertama.
  3.  Fase pemanjangan, produk PCR pertama tersebut dijalankan pada proses PCR kedua di mana pasangan primer kedua (nested primer) akan mengenali sekuen DNA spesifik yang berada di dalam fragmen produk PCR pertama dan memulai amplifikasi bagian di antara kedua primer tersebut. Hasilnya adalah sekuens DNA yang lebih pendek daripada sekuens DNA hasil PCR pertama.

Aplikasi Dalam Bidang kesehatan

  1. mendiagnosis penyakit Extrapulmonary tuberculosis yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis,
    1. deteksi Taenia solium pada penyakit taeniasis ,
    2. diagnosis leptospirosis

keunggulan dari nested PCR

  1. Nested PCR memiliki sensitivitas dan spesifitas yang lebih tinggi dibanding PCR biasa.
  2.  hasil yang didapat akan lebih akurat.
  3. proses yang tidak memakan banyak waktu dibandingkan dengan proses lainnya seperti teknik kultur.

Tinggalkan Balasan

Isikan data di bawah atau klik salah satu ikon untuk log in:

Logo WordPress.com

You are commenting using your WordPress.com account. Logout / Ubah )

Gambar Twitter

You are commenting using your Twitter account. Logout / Ubah )

Foto Facebook

You are commenting using your Facebook account. Logout / Ubah )

Foto Google+

You are commenting using your Google+ account. Logout / Ubah )

Connecting to %s